Helsjöns folkhögskola började sin verksamhet 1953, men idén om en kyrklig folkhögskola hade funnits under lång tid dessförinnan. 1939 bildades Västsvenska stiftelsen för kyrklig folkhögskola, med förhoppning om att skapa en plats för både skolarbete och rekreation, där lärare och elever delar gemenskap, och som kunde vara som ett hem för dem som bodde på skolan under terminerna.

 Stiftelsen, med biskop Bo Giertz i spetsen, köpte den tidigare kurortsanläggningen vid Texelbergets fot 1950. Man räknade med ett starkt stöd från församlingarna i Göteborgs stift, som också skänkte både pengar, möbler och inredning till den blivande skolan. En lyrisk Bo Giertz skriver i en julhälsning 1952 att “ingen nu existerande svensk skola kan bjuda sina elever något vackrare eller hemtrevligare”.

Under skolans första läsår var 36 elever i 20-årsåldern inskrivna, de flesta från jordbrukarhem. För ungdomar på landsbygden var möjligheterna att studera små. De togs tidigt i anspråk i jordbruket och kunde inte vara borta hela skolterminerna. Folkhögskolan blev ofta den enda möjligheten för dem, eftersom läsårstiderna planerades så att undervisningen kunde kombineras med jordbruket.

Kurserna på Helsjön var från början enbart det som idag kallas Allmän kurs. På 70-talet breddades verksamheten, dels för att få en tydligare roll som kompetensgivare för högre studier, dels för att svara mot Svenska kyrkans behov av fortbildning. Sedan dess har skolan varit en viktig plats även för kortare kurser och läger av olika slag.